Entre 2002 y 2004 el club contó con un tercer filial, el Valencia Club de Fútbol C, que desapareció al bajar el Mestalla a Tercera División en 2004, arrastrando al «C» a Preferente. En diciembre de 2011 el club anunció un protocolo de intenciones con la entidad Bankia, acreedora de la mayor parte de la deuda valencianista, a través del cual podrían retomarse las obras, pero en septiembre de 2012 se supo que Bankia rompía el acuerdo alcanzado a través del plan Newcoval, por lo que el club se quedó sin acuerdo para la financiación del estadio.